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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  46 lines
  1. *************************************
  2. * Neutrophil bactenecins signatures *
  3. *************************************
  4.  
  5. A number   of  active  peptides  secreted  by  neutrophils  (polymorphonuclear
  6. leukocytes) have been found [1,2] to be evolutionarily related. These proteins
  7. are listed below:
  8.  
  9.  - Pig cathelin, which is probably an antibacterial peptide [3].
  10.  - Pig myeloid antibacterial peptide PMAP-23.
  11.  - Bovine bactenecin 5 (Bac5), a proline and arginine-rich potent antibiotic.
  12.  - Bovine cyclic dodecapeptide, a potent antibiotic.
  13.  - Bovine indolicidin, a tryptophan-rich antibiotic.
  14.  - Rabbit  CAP18, a  protein  that  binds to the bacterial lipopolysaccharides
  15.    (LPS).
  16.  - Rabbit p15, which also binds to LPS and exhibits antibacterial activity.
  17.  
  18. Structurally  these  proteins  consist  of three domains: a signal sequence; a
  19. conserved region of  about  100 residues  that  contains  four cysteines and a
  20. highly divergent C-terminal section of variable size.  It is in the C-terminal
  21. section that the antibiotics Bac5, indolicin, PMAP-23 and cyclic dodecapeptide
  22. are found;   they  are  proteolytically  processed  from  their  precursor  by
  23. elastase.
  24.  
  25. We have  derived  two  signature  patterns  for  these proteins; the first one
  26. corresponds to  the  beginning  of  the conserved region and the second one to
  27. a central part that contains two of the conserved cysteines.
  28.  
  29. -Consensus pattern: L-x-Y-x-E-x-V-x-[RQ]-A-[LIVM]-[DQ]-x-[LIVMFY]-N-[EQ]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Consensus pattern: F-x-[LIVM]-K-E-T-x-C-x(10)-C-x-F-[KR]-E
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36.  
  37. -Last update: June 1994 / First entry.
  38.  
  39. [ 1] Zanetti M., Del Sal G., Storici P., Schneider C., Romeo D.
  40.      J. Biol. Chem. 268:522-526(1993).
  41. [ 2] Levy O., Weiss J., Zarember K., Ooi C.E., Elsbach P.
  42.      J. Biol. Chem. 268:6058-6063(1993).
  43. [ 3] Lenarcic B., Ritonja A., Dolenc I., Stoka V., Berbic S., Pungercar J.,
  44.      Strukelj B., Turk V.
  45.      FEBS Lett. 336:289-292(1993).
  46.